Els objectes del Museu Darder tenen diferents orígens:
Tot i que hi ha altres sistemes d’ingrés d’objectes en els museus, fins ara no s’ha donat cap d’aquests casos al Museu Darder.
L’origen del Museu va ser la donació de la col•lecció d’història natural de Francesc Darder al municipi de Banyoles, l’any 1916. Des d’aleshores, s’han anat incorporant al fons nous objectes i col•leccions, moltes vegades sense quedar-ne constància enlloc, un fet que és habitual en molts museus antics. A més, fins que no es va crear el Museu Arqueològic Comarcal, l’any 1933, es va considerar el Museu Darder com a Museu Municipal, i per tant s’hi van portar objectes que a vegades ben poc tenien a veure amb les ciències naturals.
Així, abans de 1991 es tenen poques referències de molts dels objectes del Museu Darder, sobretot pel que fa a les dates d’ingrés. A vegades, es coneix la persona que va fer la donació, o qui va dissecar un exemplar concret. En d’altres casos, s’ha perdut informació per haver eliminat cartells que portaven els objectes, o s’han perdut els objectes mateixos perquè s’han fet malbé o, als anys 60, se’n van llençar uns quants que suposadament estaven en mal estat.