El Museu Darder s’inaugura el 22 d’octubre de 1916, fruït de la donació de les col·leccions d’història natural del barceloní Francesc Darder i Llimona al municipi de Banyoles. S’ubica a la planta baixa d’un edifici municipal, a la Plaça dels Estudis, on encara es troba avui dia. En aquella època, a les comarques gironines només hi havia dos museus més, essent doncs el tercer més antic de les nostres contrades. Durant anys, va ser un referent de Banyoles, com a lloc de gran interès cultural amb col·leccions que no es veien habitualment, principalment les d’antropologia. L’acumulació d’animals exòtics en les seves tres sales, que després van passar a cinc, feia que tant escoles com gent de ciència trobessin molt atractiva la visita al Museu. Tot i això, durant anys el Museu Darder es va mantenir més gràcies a la col·laboració desinteressada de diferents persones que no a inversions que ajudessin a millorar-lo. Malgrat tot, el fons del Museu es va anar ampliant amb donacions de persones que cedien les seves col·leccions o alguns objectes de ciències naturals que tenien o trobaven, arribant-se a les aproximadament 20.000 peces actuals. De totes maneres, també es van eliminar, fer malbé, perdre o van ser robats, diferents objectes del Museu, encara que de molts d’ells no se’n tenen referències clares. L’any 2003 es tanca el Museu temporalment per tal de remodelar l’edifici, arran de l’obtenció d’una important subvenció de l’Estat Espanyol. Amb la reobertura, es milloren els recursos destinats al Museu i, sobretot, es crea un discurs coherent en l’exposició permanent, que fins aleshores, tot i l’intent d’explicar la figura de Francesc Darder, no anava més enllà d’una mostra més o menys sistemàtica de gran quantitat d’exemplars de fauna. També s’incorpora una part dedicada a la conca lacustre de l’Estany de Banyoles, una idea que havia nascut a principis dels anys 70 del segle XX però que mai fins ara s’havia aconseguit realitzar.