El riu Fluvià neix al terme municipal de Falgars del Camp, a la Garrotxa, sota el Collsacabra, i desemboca al mar Mediterrani a Sant Pere Pescador. És un dels rius més ben conservats de Catalunya, doncs no té construït cap gran embassament, i circula per diversos espais naturals, tant pel Parc natural de la zona volcànica de la Garrotxa, com al Parc dels Aiguamolls de l’Empordà. Un cop ha rebut les aigües del Ser circula a través d'uns congosts excavats per l'acció de l'aigua deixant veure la composició del terreny format per conglomerats de còdols i graves, clarament visibles al cingle on s'alça l'interessant ermita de Sant Miquel de la Roca, prop del jaciment ibèric del Portell. Al Pla de l’Estany el riu Fluvià passa encaixonat entre turons i petites planes agrícoles, dibuixant meandres suaus, deixant al descobert petits penya-segats i amb algunes illetes i zones amb codolars. Al llarg del seu recorregut recull les aigües de molts petits rierols i del riu Ser, que aporta un bon cabal d’aigua. 

El bosc de ribera encara es conserva en gran part dels seus trams, tot i que també hi ha moltes plantacions de pollancres i plàtans. Manté intacte la seva bellesa i tranquil·litat, doncs molts dels seus trams son inaccessibles per la vegetació, i al llarg del seu recorregut trobem diverses petites rescloses o minicentrals elèctriques i alguns elements històrics destacats. A ningú escapa que el paisatge del tram mig del riu Fluvià que circula entre petits poblets com Esponellà, Vilert, Orfes, Parets d’Empordà,... té un encant especial.

Una bona ruta per copsar aquests valors és circular pel camí de les rescloses que sortint d’Esponellà arriba fins a la reserva natural de fauna salvatge de l’Illa de Fares, travessa un pont sobre el riu Ser i surt a la carretera de Banyoles a Besalú, passat Serinyà. En aquest tram es troba la resclosa d’Esponellà, de Martís i la de Serinyà. Més avall trobaríem la resclosa de Vilert i la d’Orfes. Al llarg del riu es pot observar com es conserva part del bosc de ribera original format per salzes, àlbers, freixes, pollancres, verns i oms. A les parts someres de les rescloses s’hi formen balcars i canyissars importants, i a les aigües netes s’hi formen herbassars d’espigues d’aigua i altres plantes aquàtiques. Al riu Ser es va redescobrir una espècie de nàiade allargada (Unio aleroni) que posteriorment s’ha retrobat en alguns altres punts del riu Fluvià, com a la riera Casinyola. L’espècie ha comptat amb un projecte de recuperació per part del PN de la Zona Volcànica, i manté en aquest riu una de les poblacions més importants i ben conservades de Catalunya.

Pel que fa als peixos hi predominen les espècies introduïdes com el peix sol, la madrilla, la carpa, la gambúsia i el barb de l’Ebre. Més escasses són les espècies autòctones com la bavosa de riu, que es troba de Vilert cap avall, el barb de muntanya, la bagra i l’anguila. Altres espècies interessants son alguns amfibis com les granotes verdes, els gripaus comuns, les reinetes i els tritons verds, o rèptils com les serps d’aigua, les tortugues de rierol o els vidriols. La zona és rellevant també pels ocells, especialment els aquàtics, com els bernats pescaires, el corriol petit, el martinet de nit, l’ànec collverd, la polla d’aigua, el blauet, el martinet blanc, els abellerols, l’agró blanc i el corb marí gros. De fet aquest interès ornitològic va motivar la creació de la Reserva de l’Illa de Fares o del Fluvià a la resclosa de Serinyà. També hi cria el milà negre, el falcó mostatxut, el duc o el corb i és àrea de pas de l’àguila pescadora i de campeig de l’esparver cendrós. Als anys 90 la reintroducció amb èxit de la llúdriga va permetre recuperar aquesta espècie al riu i ara és fàcil veure-la fins i tot a ple dia, on també es poden veure cabirols, gorjablancs i genetes. Malauradament també en destaca la presència de fauna i flora introduïda, com l’arbre negundo, i els animals com el visó americà, la tortuga d’’orelles vermelles i el cranc de riu americà.

El riu malgrat estar en bon estat no està lliure d’amenaces puntuals, com l’abocament de fuel de la paperera la Confiança de l’any 2004 o els abocaments de les granges del Torn, i d’altres més constants que causen un impacte important com les plantes extractives i de tractament d’àrids, el pas del TGV, o les línies elèctriques.