Dins la comarca del Pla de l'Estany hi trobem el conjunt d'estanys, estanyols i enfonsaments d’origen càrstic més extens de la península Ibèrica, caracteritzat pel seu interessant funcionament hidrogeològic.
Per definició un sistema càrstic està caracteritzat per processos de dissolució de roques calcàries i de guix per l’acció de l’aigua infiltrada al subsòl, generant un relleu determinat, com ara coves o dolines (enfonsaments del terreny), com passa a Banyoles. El tret característic de les àrees càrstiques és la circulació subterrània de les aigües. Entre els punts d'infiltració de l’aigua i els de sortida, la circulació s'estableix aprofitant els punts febles de la capa de roques i dóna origen a un sistema de cavitats, pous i galeries on l'aigua, escolant-se lliurement o a pressió, genera processos d'erosió i de dissolució. Als Països Catalans els fenòmens càrstics abunden en els materials calcaris, però són especialment visibles a tota la conca lacustre de Banyoles.
El funcionament del sistema càrstic de la conca lacustre de Banyoles pot resumir-se en uns quants fets encadenats. Les aigües de pluja infiltrades a la zona de l’Alta Garrotxa, alimenten un aqüífer que circula subterràniament –un riu subterrani- vers el sud pels materials calcaris que son permeables. Aquesta aigua subterrània sorgeix a la superfície per la pressió del sistema – com si es comprimís un globus ple d’aigua- la qual cosa provoca que l’aigua ascendeixi a través d’escletxes i fissures dels materials geològics en sentit vertical fins sortir a la superfície en forma de surgències. Amb el temps, el pas de l’aigua que ascendeix des de les roques calcàries del subsòl cap a la superfície va dissolent els guixos de les capes intermèdies creant cavitats o forats que en enfonsar-se a superfície i omplir-se d’aigua provoquen la formació d’estanyols.
El funcionament del sistema hidrogeològic s’explica no només per aquest origen càrstic, sinó també per un origen tectònic. La falla d’Albanyà, que circula pel costat est de la conca lacustre, delimita un canvi de materials geològics, de manera que la capa de calcàries per on circula l’aqüífer no té continuïtat més enllà de Banyoles, i es troba una capa de margues, materials impermeables, que provoquen un augment de pressió del sistema obligant a l’aigua a sortir de forma vertical a través d’escletxes i fissures fins alimentar els estanys, estanyols, fonts i bullidors. Els bullidors, sinònim de surgència o brollador, són punts per on l’aigua sorgeix amb força de forma intermitent barrejada amb l’aire acumulat a sota terra, creant la sensació d’aigua bullint.
Les zones de sortida d’aigua d’aquest sistema hidrogeològic es situen a quatre grans àrees: a la vall del riu Fluvià, al Pla de Martís i Pla d’Usall, a la Vall de Sant Miquel de Campmajor i a la depressió de Banyoles, incloent aquesta la vall del riu Matamors. Segons diversos estudis amb anàlisis isotòpiques d’Oxigen-18 i triti, les aigües sorgents en aquestes zones tenen un mateix origen a les muntanyes calcàries de l'Alta Garrotxa, entre 700 i 900 m d’altitud, a la valls dels rius Llierca i Borró. Els valors de triti també indiquen que els temps mitjans de trànsit de l'aigua abans no surt a la superfície oscil·len a l'entorn dels 11 mesos.
Les formes càrstiques més destacades corresponen a les dolines de col·lapse que es formen quan el sostre de cavitats subterrànies (causades per la dissolució dels guixos per l’aigua) es desploma pel seu propi pes. Quan aquestes dolines tenen un punt de surgència d’aigua pel seu interior formen un estanyol. Tots els estanyols i enfonsaments es caracteritzen per la seva forma circular, així com per una base en forma d’embut.
Una característica singular dels processos de carstificació de la zona és la formació de fenents. La gent de Banyoles anomena així a les esquerdes verticals o subverticals que es formen al travertí de la part occidental de la ciutat. La seva funcionalitat hidràulica queda palesa en moments de precipitació intensa o d’inundacions, actuant com a vies preferents de desguàs, amb el paper de veritables xucladors.
Aquest sistema càrstic, amb processos de formació de dolines, és actiu en l’actualitat. De fet, l’actual estany és el producte de milers d’anys d’acció d’aquests processos. La zona lacustre original, formada fa més de 250.000 anys, estava situada més al nord, com mostren els jaciments lacustres d’Incarcal, a Crespià, i es va anar desplaçant vers el sud fins a obtenir l’estructura actual.
La singularitat del fenomen hidrogeològic és el que li ha valgut a l’Estany els valors per ser incorporat a la llista Ramsar de Zones Humides d’Importància Internacional.