La conservació del patrimoni natural és una de les prioritats actuals per als països desenvolupats que han entès que la nostra petjada ecològica sobre el planeta ha superat en escreix la capacitat de recuperació del mateix i posa en perill ecosistemes, recursos naturals i espècies de fauna i flora emblemàtiques.

A nivell local la conservació del patrimoni natural no sempre ha estat una prioritat. A la comarca del Pla de l’Estany, als anys 70 va començar-se a desenvolupar un moviment conservacionista nascut de les inquietuds de gent jove, estudiants, lligat estretament al Museu Darder de Banyoles. Una Junta nova amb gent jove va promoure un canvi al Museu per tal de promocionar l’educació ambiental, renovar de les sales, fer itineraris de natura, publicar sobre els valors naturals de l’Estany, tallers de natura, etc. Als anys 80 les activitats de conservació de la natura des del Museu augmenten. Així es col·labora en les I Jornades sobre l’Estany de Banyoles amb una comunicació sobre el Coneixement i conservació del medi natural de l’Estany de Banyoles, al 1986 es presenta el llibre I Jornades sobre l’Estany de Banyoles i es fa coincidir amb la inauguració de la nova Sala Darder de l’antic museu. Ja a finals dels 80 es dona suport al Laboratori de Limnologia, que es constitueix com a secció del Museu Darder i s’ubica a Can Sisó, vora l’Estany. La seva missió primordial és el desenvolupament d’investigacions referides al medi lacustre, la docència i la formació d’investigadors en aquesta àrea. També entre els anys 70 i 80 es crea dins la Junta Delegada del Museu una Secció d’Ecologia, que dedica els seus esforços a la defensa ambiental, a assessorar altres entitats en temes de natura i ecologia i a publicar escrits referents a la protecció de la natura. La protecció i l’estat de conservació de diversos espais naturals de què podem gaudir actualment són el fruit dels esforços d’aquesta Secció. És a la mateixa època que també es proposa que el Museu incorpori sales explicant el funcionament de l’Estany de Banyoles i els seus valors naturals. A finals de 1987, membres de la Junta Delegada del Museu promouen la creació de l’entitat ecologista LIMNOS (Associació de Defensa del Patrimoni Natural de Banyoles i Comarca) i d’aquí també en surten membres que posteriorment crearan l’Escola de Natura de Banyoles. La relació entre el Museu i Limnos ha continuat des de llavors compartint la seu en el mateix edifici. La secció d’Ecologia del Museu Darder va treballar durant anys per a la conservació de la natura i va aconseguir fites importants. Actualment també el museu promou la conservació dels espais naturals de l’entorn de l’Estany de Banyoles i en fomenta el seu coneixement i estudi.

Després d’anys de lluita conservacionista la situació actual és molt millor que la de fa uns anys. Les figures de conservació de la zona lacustre de Banyoles i de l’entorn de la comarca del Pla de l’Estany són varies. L’Estany de Banyoles pels seus valors paisatgístics i naturals va ser protegida als anys 50 com a “paisaje pintoresco”, el que ha comportat que actualment estigui catalogat com a Jardí Històric dins la categoria de Bé Cultural d’Interès Nacional. Més recentment, al 1992, amb l’aprovació del Pla d’Espais d’Interès Natural (PEIN) de la Generalitat de Catalunya, l’Estany va entrar a formar part de la xarxa d’Espais d’Interès Natural de Catalunya. L’espai està inclòs també a la Xarxa Natura 2000, d’espais naturals de la Unió Europea, com a Lloc d’Interès Comunitari (LIC) i el 2003 va ser acceptat al Tractat Ramsar com a zona Humida d’Importància Internacional.

A la comarca tenim altres espais protegits, les muntanyes de Rocacorba també són Espai d'Interès Natural i formen part de la Xarxa Natura 2000, com també tot el riu Fluvià. Al riu Fluvià també hi ha la Reserva de Fauna Salvatge de l'Illa de Fares o del Fluvià, i finalment destacar que l'estanyol o platja d'Espolla també està protegit com una subunitat de l'Estany de Banyoles amb les mateixes figures anteriorment descrites.