En l’actual política d’adquisicions, el Museu només incorpora al seu fons dipòsits procedents de les excavacions arqueològiques  i paleontològiques de la comarca del Pla de l’Estany realitzades amb els corresponents permisos oficials emesos pel Servei d’Arqueologia i Paleontologia de la Generalitat de Catalunya. Puntualment també s’accepten donacions, sobretot si aquestes procedeixen d’antigues col·leccions arqueològiques del Pla de l’Estany. En el cas de troballes puntuals en superfície, abans de tramitar l’acceptació el Museu obre un procediment per comunicar-ho al Servei d’Arqueologia i Paleontologia i analitzar si procedeixen d’un jaciment conegut. Convé recordar que la recollida sistemàtica de materials sense permís oficial, així com la seva extracció del subsòl, conformen un delicte tipificat en l’actual legislació. L’adquisició d’objectes arqueològics de valor històric i patrimonial mitjançant la compra és una pràctica descartada per l’actual direcció del Museu al no considerar-la ètica.