Totes aquelles peces que no estan a l’exposició permanent estan degudament conservades a les dependències del Museu. Es disposa de 3 grans sales equipades amb armaris compactes ignífugs que sumen un espai total d’emmagatzematge superior als 140 m². També es compta amb dues sales específiques climatitzades de 6m² cadascuna: una per a fustes i matèria orgànica, que sempre està a una temperatura constant de 20º i a una humitat relativa del 50%, i una altra per a les monedes i els metalls, també a una temperatura de 20º però a un nivell d’humitat relativa molt menor, del 35%.