Abans d’entrar en aquesta sala ens trobarem una vitrina-monetari, davant de la consergeria del museu, on s’hi exposen les principals troballes monetàries d’entre els segles III aC i el XVII dC,  fetes al Pla de l’Estany.  Moltes d’aquestes monedes varen ser dutes al museu per l’enginyer Jaume Butinyà i Granés, primer president el Centre d’Estudis Comarcals de Banyoles.

Una vegada dins de la sala hi trobarem tres àmbits temàtics, ben diferenciats. En el primer s’hi explica l’etapa ibèrica a la comarca (700-200 aC),  des dels seus orígens a l’edat el Ferro-I fins a l’etapa iberoromana. El jaciment de referència és el poblat ibèric del Mas Castell de Porqueres. El món romà i tardoromà (200 aC-700 dC) s’explica essencialment a través de la Vil·la Romana de Vilauba (Camós), els forns romans d’Ermedàs (Cornellà del Terri) i la necròpolis i temples cristians del Mas castell de Porqueres.

Finalment, l’etapa medieval-moderna (700-1.800 dC) se centra en la vila de Banyoles, dins d’un marc comarcal,  i s’hi destaquen  el creixement urbà i l’evolució de l’estructura social i econòmica. S’hi fa també una especial referència al monestir romànic de St. Esteve, al palau gòtic de la Pia Almoina i a la torre medieval d’Espasens (Fontcoberta).

Des del juny del 2015, la sala d'història no es pot visitar per les obres de remodelació del museu. Disculpeu les molèsties.