Els ambients lacustres i d’aiguamolls tenen una elevada diversitat animal i vegetal, també en les comunitats bacterianes. A més a la conca lacustre de Banyoles aquestes comunitats produeixen fenòmens singulars, i hi són especialment abundants degut a la composició de l’aigua rica en carbonats, sulfats, i també en aigües ferroses. Les poblacions bacterianes, malgrat sovint no ésser gens considerades per valorar els espais naturals, són uns elements essencials a l'ecosistema. La seva activitat, els seu metabolisme i l'aportació de biomassa així ho indiquen, a més de jugar funcions primordials en el reciclatge dels elements químics com el nitrogen, el sofre o el carboni.

La composició química de l'aigua de la zona lacustre de Banyoles, rica en sulfats, afavoreix que apareguin un grup de bacteris concrets, característics dels llacs càrstics, els bacteris del sofre. El fons dels estanyols està cobert per sediment en suspensió que no permet l'establiment de fauna o flora per la manca d’oxigen i llum. Aquests sediments anòxics -negres i sense oxigen- no abunden a l'Estany, però són comuns a gairebé tots els estanyols, i en certs ambients com els recs de vimeteres de la zona de la caseta de fusta. En aquests sediments s'hi ha de destacar l'elevada activitat de bacteris descomponedors de la matèria orgànica que viuen en el sediment negre i amb olor a ous podrits. Són sobretot els bacteris fermentadors i reductors de sulfats dels gèneres Desulfovibrio i Desulfatomaculum que descomponen la matèria orgànica utilitzant els sulfats de l'aigua per respirar, a falta d'oxigen, i els redueixen, generant sulfhídric (H2S). Aquest sulfhídric, en forma de gas tòxic, difon cap a la superfície i en ocasions, durant l'estratificació estival, pot ocupar gran part de la columna d'aigua.

La presència del gas sulfhídric a les capes d'aigua on hi arriba la llum permet l'establiment de poblacions de bacteris fototròfics del sofre. Aquests microorganismes s’alimenten dels productes que generen fent la fotosíntesi tal com fan les plantes a partir de la llum i el diòxid de carboni. La diferència rau en el fet que enlloc d’utilitzar l’aigua com a poder reductor per a produir la matèria orgànica, utilitzen el sufhídric. En aquestes reaccions metabòliques el sulfhídric es converteix en sofre i després en sulfat, tancant el cicle del sofre. Aquests bacteris fotòtrofs pertanyen bàsicament a dues famílies; la dels bacteris vermells del sofre (cromatiàcies) i la dels bacteris verds del sofre (clorobiàcies). Els representants més habituals dels bacteris vermells en els estanyols de Porqueres i les cubetes de l'Estany són Chromatium minus i Amoebobacter, i pel que fa als bacteris verds el Chlorobium limicola i C. phaeobacteroides. Poden assolir concentracions elevadíssimes a l'aigua (fins a cent milions de cèl·lules per mil·lilitre d'aigua).

Un dels fets més singulars de la zona càrstica de Banyoles és que malgrat la seva mida microscòpica els bacteris produeixen fenòmens que poden ser observats a simple vista, fet que es pot comprovar amb les coloracions vermelles (provocades per bacteris vermells del sofre), marrons i verdes de l'estanyol de Can Cisó, a la Font de la Puda, o l'aparició d'un tel de sofre sobre l'estanyol del Vilar. L'estanyol vermell de Can Cisó representa un exemple molt interessant dels ecosistemes microbians d'ambients aquàtics que deurien existir a l'atmosfera primitiva de la Terra, fa uns 3.000 milions d'anys, quan aquesta no tenia oxigen i els únics organismes vius eren microorganismes procariòtics. Aquesta peculiaritat li ha valgut el seu reconeixement a nivell internacional. Les condicions que provoquen aquest fenomen a l'estanyol de Can Cisó es basen en que l’estanyol està molt enclotat i no es barreja l’aigua pel vent, provocant que l’oxigen s’esgoti i apareixin els bacteris a superfície. L’enfonsament d'una de les parets de l'estanyol als anys 90 podria haver trencat la dinàmica existent a l’ecosistema, i des de llavors es difícil observar l’estanyol de color vermell a la superfície a l’hivern tal com passava fa uns anys.

A la font de la Puda o font Pudosa és produeix també un cicle vital entorn del sulfhídric, i de forma molt didàctica que permet comprendre com funciona tot aquest procés. Les aigües quan pugen per alimentar la font passen per una capa de torbes subterrànies riques en matèria orgànica on hi viuen els bacteris reductors de sulfats que porta l’aigua i que produeixen gas sulfhídric. Aquest gas en sortir a la superfície de la font genera la típica olor a ous podrits o bomba fètida. En les zones on espetega l'aigua creixen uns filaments blancs on es troba sofre i bacteris filamentosos del grup de Beggiatoa  i Thiotrix. En microambients més anòxics (sota el lleu blanc, sota fulles, etc.) poden proliferar bandes rosades de bacteris fototròfics del sofre, normalment bacteris vermells del gènere Chromatium sp., si la llum penetra suficientment. En la part més aeròbica proliferen filaments verds constituïts per cianobacteris, com Oscillatoria, bastant tolerants al sulfhídric. El mateix fenomen també es pot observar a la font pudosa de Porqueres, a prop l’església de Santa Maria de Porqueres.

És molt important el manteniment de l'equilibri del sistema en els estanyols. Quan un estanyol es contamina, com va passar amb l’estanyol del Vilar per l’abocament d’aigües residuals, la contaminació de les aigües facilita que es produeixin grans quantitats de sulfhídric. Aquest gas és tòxic i pot arribar, en cas d'ocupar tota la columna d'aigua, a provocar una anòxia total i una mortaldat de totes les espècies com el plàncton, els invertebrats i els peixos.